Les fonctions

Sébastien Boutry

2023-04-17

Le jeu de données test

Pour faciliter la prise en main du package, un jeu de données est mis à disposition pour faire tourner les différentes fonctions.

Il représente une campagne d’échantillonage sur un plan d’eau donné à l’aide du protocole (Morin et al. 2010).

Les listes floristiques 

#>   id_prelevement taxons ab
#> 1            314   AAMB 17
#> 2            314   ADEG  1
#> 3            314   ADMI  3
#> 4            314   ALFF  1
#> 5            314   APED  2
#> 6            314   AUAJ 69

Les informations complémentaires sur la station

Les fonctions du package IBDL

Au niveau du prélèvement

Harmonisation taxonomique de la liste floristique - fibdl_listflor_transcode

A partir d’une liste floristique diatomique, on harmonise la dénomination de la flore au rang taxonomique de l’espèce.

Nous avons construis une table de transcodage à partir du fichier d’Omnidia (Michel Coste) de Mars 2020. On prend en compte :

  • l’évolution taxonomique
  • la synonymie
  • et l’héritage (les rangs taxonmiques inférieurs à l’espèce sont remontés à ce niveau)

Selon Omnidia (date) :

Achnanthes abundans var. elliptica a pour nom valide Psammothidium abundans var. ellipticum Actinocyclus tenellus(ACTE) a pour nom valide Actinocyclus octonarius var. tenellus

id_prelevement taxons nom_scientifique ab
314 AAMB Aulacoseira ambigua 17
314 ADEG Achnanthidium exiguum 1
314 ADMI Achnanthidium minutissimum 3
314 ALFF Achnanthes lanceolata subsp. frequentissima var. rostratiformis 1
314 APED Amphora pediculus 2
314 AUAJ Aulacoseira ambigua f. japonica 69
314 AUGR Aulacoseira granulata 7
314 AUPU Aulacoseira pusilla 42
314 CMED Cyclotella meduanae 62
314 CMEN Cyclotella meneghiniana 6
314 DPST Discostella pseudostelligera 2
314 ENMI Encyonema minutum 8
314 ESLE Encyonema silesiacum 2
314 EUNO Eunotia 2
314 FCVA Fragilaria capucina var. vaucheriae 17
314 FPEC Fragilaria pectinalis 4
314 GANG Gomphonema angustatum 2
314 GAUR Gomphonema auritum 1
314 GMIN Gomphonema minutum f. minutum 2
314 GPAR Gomphonema parvulum var. parvulum f. parvulum 6
314 NACI Nitzschia acicularis 1
314 NADA Navicula adamata 2
314 NCPL Nitzschia capitellata 6
314 NCTE Navicula cryptotenella 1
314 NIGR Nitzschia gracilis 2
314 NPAL Nitzschia palea var. palea 2
314 NPML Nitzschia pumila 14
314 NSUA Nitzschia subacicularis 5
314 RABB Rhoicosphenia abbreviata 1
314 SPUP Sellaphora pupula 2
314 STRU Stephanodiscus triporus 110
id_prelevement taxons nom_scientifique (transcode) rang_taxonomique (transcode) ab
314 AAMB Aulacoseira ambigua sp 86
314 ADEG Achnanthidium exiguum sp 1
314 ADMI Achnanthidium minutissimum sp 3
314 APED Amphora pediculus sp 2
314 AUGR Aulacoseira granulata sp 7
314 AUPU Aulacoseira pusilla sp 42
314 CMDU Cyclotella meduanae sp 62
314 CMEN Cyclotella meneghiniana sp 6
314 DPSG Discostella pseudostelligera sp 2
314 ENMI Encyonema minutum sp 8
314 ESLE Encyonema silesiacum sp 2
314 EUNO Eunotia gn 2
314 FPEC Fragilaria pectinalis sp 4
314 FVAU* Fragilaria vaucheriae var. vaucheriae other 17
314 GANG Gomphonema angustatum sp 2
314 GAUR Gomphonema auritum sp 1
314 GMIN* Gomphonema minutum f. minutum other 2
314 GPAR* Gomphonema parvulum var. parvulum f. parvulum other_0 6
314 NACI Nitzschia acicularis sp 1
314 NADA Navicula adamata sp 2
314 NCPL Nitzschia capitellata sp 6
314 NCTE Navicula cryptotenella sp 1
314 NIGR Nitzschia gracilis sp 2
314 NPAL* Nitzschia palea var. palea other 2
314 NPML Nitzschia pumila sp 14
314 NSUA Nitzschia subacicularis sp 5
314 PROH Planothidium rostratoholarcticum sp 1
314 PTPU Praestephanos triporus sp 110
314 RABB Rhoicosphenia abbreviata sp 1
314 SPUP Sellaphora pupula sp 2

Validation des listes floristiques - fibdl_listflor_validate

Qualification - fibdl_listflor_qualify

Calcul des métriques au niveau de la liste floristique

- fibdl_listflor_metrics
- fibdl_listflor_EQR
- fibdl_listflor_EQR_standard

Au niveau de l’unité d’observation

Score au niveau de l’unité d’observation - fibdl_uo_score

Au niveau du lac

Calcul de l’IBDL au niveau du lac - fibdl

- fibdl_ibdl

A partir du jeu de sortie de la fonction fibdl_uo_score, la fonction fibdl_ibdl() calcule l’Indice Biologique Diatomées en Lac et la fournit la classe d’état du plan d’eau.

- fibdl_ibdl_qualify

La fonction fibdl_ibdl_qualify détermine la qualité de l’évaluation, si celle la est représentative du plan d’eau.

Deux critères sont pris en compte à ce niveau la :

  • au moins 3 unités d’observation possèdent un score au nivau de l’UO,
  • plus de 75% de type de rive est représenté.

La fonction intégratrice - fibdl 

## Calcul de l'IBDL
ibdl <- fibdl(listflor,info_uo)

## Affichage des résultats
ibdl

Après un mise en forme à l’aide du package gt, on obtient le résultat suivant :

Référence

Morin, Soizic, D. Valade, Juliette Tison-Rosebery, Vincent Bertrin, M. Cellamare, and Alain Dutartre. 2010. “Utilisation du phytobenthos pour la bioindication en plans d’eau : Etat de l’art des méthodes disponibles et test de métriques sur les plans d’eau aquitains.” Research Report. Irstea. https://hal.inrae.fr/hal-02594105.